PCAN-MicroMod配置软件可用于配置所有基于PCANMicroMod的产品。专用的配置选项可用于PCAN-MicroMod本身、母板、和评估板，这取决于所用的硬件。

配置数据通过CAN传送到模块。使用唯一的模块ID可独立配置单个CAN总线上的多个设备。